Description des contaminants

Otenir une liste exhaustive des contaminants

On cherche à obtenir une liste exhaustive des contaminants mesurés chez quatre espèces impliquées dans le PASL.

source("src/itgr_measurements.R")
contaminants <- itgr_measurements()

QA sur les noms de contaminants

Certains noms de composées divergent entre les différents classeurs de données (espèces)

dups_contaminants <- contaminants |> 
    dplyr::group_by(conpound_family, variable) |>
    dplyr::arrange(desc(variable)) |>
    dplyr::count()

reactable::reactable(dups_contaminants)

Atelier 1: Jouer a pareil, pas pareil, pour consolider la nomenclature des contaminants

QA sur les noms des sites

dups_sites <- contaminants |> 
    dplyr::group_by(Location) |>
    dplyr::count()

reactable::reactable(dups_sites)

Atelier 2: Jouer a pareil, pas pareil, pour consolider la nomenclature des sites

QA Data censurées

On applique la transformation avec la fonction toxbox::uncensored().

contaminants_uncensored <- contaminants |> 
    toxbox::uncensored(cols = "value", keep_cens = TRUE)

Warning: There was 1 warning in `dplyr::mutate()`.
ℹ In argument: `dplyr::across(tidyselect::all_of(cols), remove_cens)`.
Caused by warning:
! NAs introduced by coercion

Isolation des valeurs NA’s pour comprendre quelles sont les mesures qui ne peuvent pas être transformé en valeur numérique.

Q1. Combien de données se retrouvent dans ce cas de figure?

table(is.na(contaminants_uncensored$value))

FALSE  TRUE 
35185  1271 

Q2. Dans quelle classeur et quel onglet on retrouve ces valeurs?

contaminants_uncensored |> 
    dplyr::filter(is.na(value)) |>
    dplyr::group_by(source, conpound_family) |>
    dplyr::count() |>
    dplyr::arrange(source) |>
    reactable::reactable()

Q3. C’est quoi les valeurs qui ne peuvent pas être transférer en valeur numérique (après retrait du symbole <)?

TODO: A compléter ici, marche pas

contaminants |> 
    dplyr::filter(stringr::str_detect(stringr::str_trim(value), "[:alpha:]")) |>
    as.data.frame() |>
    reactable::reactable()