Presentation

# Introduction à la base de données **PLUMES**

<div style="font-size:15px;text-align:right;">Crédit photo: Antanasc</div>

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# Partie 1

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## Vue d'ensemble de la solution

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# Structure de la base de données

## 3 grandes familles de données

1. Évenements de capture d'individus & Mesures morphométriques sur les individus (Biologiste)
2. Collecte des échantillons (Biologiste)
3. Mesures de contaminants (Chimiste)

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# Structure de la base de données

## Comment cette information est structuré dans la BD?

Diagramme complet accessible [en ligne](https://github.com/ECCC-lavoie-ecotox/pres_plumes/blob/main/img/db.png)

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# Outils à notre disposition

## Comment la solution est architecturé?

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# Base de données

## Où est la base de données?

- Sur le disque réseau `Z:` dans le dossier  `07-Données BD/Database/`
- La base de données est intitulé `contaminants-rlavoie-eccc.sqlite`

Il faut donc être connecté au `Z:` pour pouvoir accéder aux données

**Versionnage**

Dans le dossier, on retrouve des sauvegardes dans le temps. 
Exemple: `contaminants-rlavoie-eccc-14102024.bak.sqlite`

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# Outils à notre disposition

On peut interagir avec la base de données de deux manières

1. **Package R:** De manière programmatique (Librairie R)
   - Permet l'écriture et la lecture des données dans la base de données
2. **Application Shiny:** Par une interface utilisateur (UI, application shiny)
   - Permet de rechercher et d'extraire les données selon des filtres contextuels

**Ces deux outils se retrouvent dans le package `plumesbox`.**

Le code source est disponible sur [Github](https://github.com/ECCC-lavoie-ecotox/plumesbox/tree/master).

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# Limites technologiques

| **Avantages**               | **Inconvénients**            |
|-----------------------------|------------------------------|
| Simple à utiliser            | Pas adapté aux très gros volumes de données |
| Flexible pour analyser les données | Performances limitées sur de grands projets  |
| Facile à transporter (SQLite) | Moins sécurisé sur un disque partagé  |
| Coût faible                  | Problèmes possibles avec plusieurs utilisateurs en même temps |

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# Limites technologiques

## Qu'est ce que ces limites impliques dans votre quotidien?

**SQLite:** La base de donnée étant contenu dans un fichier, il est impossible d'écrire en même temps sur la base de données (ex. Importer des données). Il est cependant possible d'interroger la base de données simultanément.

**Disque réseau Z:** La base de données est plus lente à interroger dû à la latence: On passe par le réseau central à Ottawa (via le VPN ou même au bureau).

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# Outils à notre disposition

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# Partie 2

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## Le package R - plumesbox

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# Installation de `plumesbox`

``` r
install.packages("devtools")
devtools::install_github("ECCC-lavoie-ecotox/plumesbox")
```
Documentation du package disponible à cette adresse: https://eccc-lavoie-ecotox.github.io/toxbox/

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# Pratique

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## Installer le package plumesbox

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# Instancier une connexion vers la BD

On ouvre la connexion vers la base de données

``` r
con <- plumesbox::init_con()
```

On peut valider que la connexion est fonctionnelle

``` r
DBI::dbListTables(con)
#>>  [1] "analyte"          "capture"          "field_sample"     "individual"      
#>>  [5] "lab_field_sample" "lab_measurement"  "lab_sample"       "project"         
#>>  [9] "report"           "sites"            "species"
```

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# Pratique

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## Valider que la connexion est fonctionnelle de votre côté

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# Tables de références

1. Sites
  2. Espèces 
  3. Contaminants
  4. Projects
]

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# Obtenir une table de référence

On réutilise toujours l'objet de connexion que l'on passe à la fonction `plumesbox::get_tbl()` et on spécifie l'argument `tbl` pour obtenir la table désirée.

``` r
species <- plumesbox::get_tbl(con, tbl = "species")
```

<div data-pagedtable="false">
  <script data-pagedtable-source type="application/json">
{"columns":[{"label":["id_species"],"name":[1],"type":["chr"],"align":["left"]},{"label":["organism"],"name":[2],"type":["chr"],"align":["left"]},{"label":["genus"],"name":[3],"type":["chr"],"align":["left"]},{"label":["species"],"name":[4],"type":["chr"],"align":["left"]},{"label":["vernacular_fr"],"name":[5],"type":["chr"],"align":["left"]},{"label":["vernacular_en"],"name":[6],"type":["chr"],"align":["left"]}],"data":[{"1":"GBHE","2":"Bird","3":"Ardea","4":"Ardea herodias","5":"Grand Héron","6":"Great blue heron"},{"1":"COEI","2":"Bird","3":"Somateria","4":"Somateria mollissima","5":"Eider à duvet","6":"Common eider"},{"1":"HERG","2":"Bird","3":"Larus","4":"Larus smithsonianus","5":"Goéland argenté","6":"American herring gull"},{"1":"NOGA","2":"Bird","3":"Morus","4":"Morus bassanus","5":"Fou de Bassan","6":"Gannet"},{"1":"SAND","2":"Fish","3":"Ammodytes","4":"Ammodytes spp.","5":"Lançon d'Amérique","6":"American sand lance"},{"1":"ATHE","2":"Fish","3":"Clupea","4":"Clupea harengus","5":"Hareng de l'Atlantique","6":"Atlantic herring"},{"1":"CAPE","2":"Fish","3":"Mallotus","4":"Mallotus villosus","5":"Capelan","6":"Capelin"},{"1":"ATMA","2":"Fish","3":"Scomber","4":"Scomber scombrus","5":"Maquereau de l'Atlantique","6":"Atlantic mackerel"},{"1":"SEBA","2":"Fish","3":"Sebastes","4":"Sebastes spp.","5":"Sébaste atlantique","6":"Rockfish"},{"1":"SHSP","2":"Fish","3":"Alosa","4":"Alosa sp.","5":"Alose","6":"Shad"},{"1":"COSP","2":"Fish","3":"Gadidae","4":"Gadidae sp.","5":"Morue","6":"Cod"},{"1":"DASH","2":"Fish","3":"Gadidae","4":"Leptoclinus maculatus","5":"Lompénie tachetée","6":"Daubed shanny"}],"options":{"columns":{"min":{},"max":[10]},"rows":{"min":[5],"max":[5]},"pages":{}}}
  </script>
</div>

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# Pratique

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## Charger dans R les tables de référence analyte et sites

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# Obtenir la table de référence sites

``` r
sites <- plumesbox::get_tbl(con, tbl = "sites")   
```

<div data-pagedtable="false">
  <script data-pagedtable-source type="application/json">
{"columns":[{"label":["id_site"],"name":[1],"type":["chr"],"align":["left"]},{"label":["name_en"],"name":[2],"type":["chr"],"align":["left"]},{"label":["province"],"name":[3],"type":["chr"],"align":["left"]},{"label":["lat"],"name":[4],"type":["dbl"],"align":["right"]},{"label":["lon"],"name":[5],"type":["dbl"],"align":["right"]},{"label":["srid"],"name":[6],"type":["int"],"align":["right"]}],"data":[{"1":"Archipel de Mingan (approximative location)","2":"NA","3":"Québec","4":"50.20000","5":"-63.49845","6":"4326"},{"1":"Battures aux Loups Marins","2":"NA","3":"Québec","4":"47.24000","5":"-70.42500","6":"4326"},{"1":"Beauharnois","2":"NA","3":"Québec","4":"NA","5":"NA","6":"NA"},{"1":"Bonaventure","2":"NA","3":"Québec","4":"48.08830","5":"-65.52400","6":"4326"},{"1":"Ile Deslauriers","2":"NA","3":"Québec","4":"45.71212","5":"-73.44068","6":"NA"},{"1":"Escuminac","2":"NA","3":"Québec","4":"48.11700","5":"-66.48300","6":"4326"},{"1":"Grande Ile","2":"NA","3":"Québec","4":"46.12300","5":"-73.02500","6":"4326"},{"1":"Gros Pot","2":"NA","3":"Québec","4":"47.87420","5":"-69.68600","6":"4326"},{"1":"Ile à Bouleau de Terre","2":"NA","3":"Québec","4":"50.24312","5":"-64.00343","6":"4326"},{"1":"Ile à Calculot des Betchouanes","2":"NA","3":"Québec","4":"50.19457","5":"-63.22139","6":"4326"},{"1":"Ile aux Basques","2":"NA","3":"Québec","4":"48.14100","5":"-69.25000","6":"4326"},{"1":"Ile aux Hérons","2":"NA","3":"Québec","4":"45.42300","5":"-73.58000","6":"4326"},{"1":"Ile aux Oeufs","2":"NA","3":"Québec","4":"49.62500","5":"-67.17570","6":"4326"},{"1":"Ile aux Pommes","2":"NA","3":"Québec","4":"48.10000","5":"-69.32950","6":"4326"},{"1":"Ile Beauséjour","2":"NA","3":"Québec","4":"48.33100","5":"-64.70250","6":"4326"},{"1":"Ile Bellechasse","2":"NA","3":"Québec","4":"46.93140","5":"-70.76750","6":"4326"},{"1":"Ile Bienville","2":"NA","3":"Québec","4":"45.27550","5":"-74.17300","6":"4326"},{"1":"Ile Blanche","2":"NA","3":"Québec","4":"47.92609","5":"-69.67653","6":"4326"},{"1":"Ile de Carillon","2":"NA","3":"Québec","4":"45.51500","5":"-74.27150","6":"4326"},{"1":"Ile de la Corneille","2":"NA","3":"Québec","4":"47.07750","5":"-70.59060","6":"4326"},{"1":"Ile de la Mine","2":"NA","3":"Québec","4":"49.05460","5":"-68.55320","6":"4326"},{"1":"Ile Dickerson","2":"NA","3":"Québec","4":"45.03600","5":"-74.58840","6":"4326"},{"1":"Ile Dodens","2":"NA","3":"Québec","4":"45.04090","5":"-74.57050","6":"4326"},{"1":"Ile Dowker","2":"NA","3":"Québec","4":"45.40120","5":"-73.89200","6":"4326"},{"1":"Ile du Bic","2":"NA","3":"Québec","4":"48.40230","5":"-68.86400","6":"4326"},{"1":"Ile du Corossol","2":"NA","3":"Québec","4":"50.09000","5":"-66.38500","6":"4326"},{"1":"Ile du Petit Caouis","2":"NA","3":"Québec","4":"49.81170","5":"-67.03710","6":"4326"},{"1":"Ile Eaton","2":"NA","3":"Québec","4":"47.59000","5":"-72.36860","6":"4326"},{"1":"Ile Laval","2":"NA","3":"Québec","4":"48.75250","5":"-69.03300","6":"4326"},{"1":"Ile Manowin","2":"NA","3":"Québec","4":"50.10300","5":"-66.40000","6":"4326"},{"1":"Ile Matane","2":"NA","3":"Québec","4":"48.57680","5":"-67.60000","6":"4326"},{"1":"Ile Nue","2":"NA","3":"Québec","4":"50.20856","5":"-64.12518","6":"4326"},{"1":"Ile Saint-Barnabé","2":"NA","3":"Québec","4":"48.48120","5":"-68.55040","6":"4326"},{"1":"Ile Saint-Bernard","2":"NA","3":"Québec","4":"45.39600","5":"-73.76000","6":"4326"},{"1":"Ile Steamboat","2":"NA","3":"Québec","4":"47.35450","5":"-72.64870","6":"4326"},{"1":"Ile Villemomble","2":"NA","3":"Québec","4":"45.29888","5":"-74.04007","6":"4326"},{"1":"Iles aux Loups Marins","2":"NA","3":"Québec","4":"47.24766","5":"-70.43681","6":"4326"},{"1":"Iles de la Madeleine","2":"NA","3":"Québec","4":"47.41130","5":"-61.87600","6":"4326"},{"1":"Iles Sainte-Marie","2":"NA","3":"Québec","4":"50.31000","5":"-59.65000","6":"4326"},{"1":"Ilets Boisés","2":"NA","3":"Québec","4":"48.41230","5":"-69.31660","6":"4326"},{"1":"Ilets De Quen","2":"NA","3":"Québec","4":"50.12139","5":"-66.42778","6":"4326"},{"1":"Kamouraska","2":"NA","3":"Québec","4":"47.59800","5":"-69.88400","6":"4326"},{"1":"Kukuministuk (Caye à Cochons)","2":"NA","3":"Québec","4":"50.27785","5":"-63.92256","6":"4326"},{"1":"Lac à la Carpe","2":"NA","3":"Québec","4":"48.22700","5":"-71.87000","6":"4326"},{"1":"Lac Bleu","2":"NA","3":"Québec","4":"46.23660","5":"-74.64449","6":"4326"},{"1":"Lac Evans","2":"NA","3":"Québec","4":"50.94000","5":"-76.80000","6":"4326"},{"1":"Lac Saint-Bernard","2":"NA","3":"Québec","4":"46.56900","5":"-73.29670","6":"4326"},{"1":"Lac Saint-Pierre","2":"NA","3":"Québec","4":"46.20691","5":"-72.81106","6":"4326"},{"1":"Long Island","2":"NA","3":"Québec","4":"NA","5":"NA","6":"NA"},{"1":"Maria","2":"NA","3":"Québec","4":"48.19770","5":"-65.96300","6":"4326"},{"1":"Miller island","2":"NA","3":"Québec","4":"NA","5":"NA","6":"NA"},{"1":"Missipinuk (Grosse Romaine)","2":"NA","3":"Québec","4":"50.27189","5":"-63.82248","6":"4326"},{"1":"Petit lac Jacques-Cartier","2":"NA","3":"Québec","4":"47.40400","5":"-71.52250","6":"4326"},{"1":"Petite Ile Ste-Geneviève","2":"NA","3":"Québec","4":"50.25042","5":"-63.06971","6":"4326"},{"1":"Pointe Saint-Pancrace","2":"NA","3":"Québec","4":"49.28000","5":"-68.05400","6":"4326"},{"1":"Prairie du Castor","2":"NA","3":"Québec","4":"45.61580","5":"-75.48310","6":"4326"},{"1":"Refuge Watshishou","2":"NA","3":"Québec","4":"NA","5":"NA","6":"NA"},{"1":"Rivière George","2":"NA","3":"Québec","4":"NA","5":"NA","6":"NA"},{"1":"Yamachiche","2":"NA","3":"Québec","4":"46.26440","5":"-72.83280","6":"4326"},{"1":"Longue-Pointe-de-Mingan","2":"NA","3":"Québec","4":"50.27000","5":"-64.14000","6":"4326"}],"options":{"columns":{"min":{},"max":[10]},"rows":{"min":[5],"max":[5]},"pages":{}}}
  </script>
</div>

---
# Cartographie des sites

``` r
sites <- plumesbox::get_tbl(con, tbl = "sites")

sites |>
  dplyr::filter(!is.na(lat) | !is.na(lon)) |>
  sf::st_as_sf(coords = c("lon", "lat"), crs = 4326) |>
  mapview::mapview()
```

<div class="leaflet html-widget html-fill-item" id="htmlwidget-49fb7c84c29572bd51b2" style="width:100%;height:378px;"></div>
<script type="application/json" data-for="htmlwidget-49fb7c84c29572bd51b2">{"x":{"options":{"minZoom":1,"maxZoom":52,"crs":{"crsClass":"L.CRS.EPSG3857","code":null,"proj4def":null,"projectedBounds":null,"options":{}},"preferCanvas":false,"bounceAtZoomLimits":false,"maxBounds":[[[-90,-370]],[[90,370]]]},"calls":[{"method":"addProviderTiles","args":["CartoDB.Positron","CartoDB.Positron","CartoDB.Positron",{"errorTileUrl":"","noWrap":false,"detectRetina":false,"pane":"tilePane"}]},{"method":"addProviderTiles","args":["CartoDB.DarkMatter","CartoDB.DarkMatter","CartoDB.DarkMatter",{"errorTileUrl":"","noWrap":false,"detectRetina":false,"pane":"tilePane"}]},{"method":"addProviderTiles","args":["OpenStreetMap","OpenStreetMap","OpenStreetMap",{"errorTileUrl":"","noWrap":false,"detectRetina":false,"pane":"tilePane"}]},{"method":"addProviderTiles","args":["Esri.WorldImagery","Esri.WorldImagery","Esri.WorldImagery",{"errorTileUrl":"","noWrap":false,"detectRetina":false,"pane":"tilePane"}]},{"method":"addProviderTiles","args":["OpenTopoMap","OpenTopoMap","OpenTopoMap",{"errorTileUrl":"","noWrap":false,"detectRetina":false,"pane":"tilePane"}]},{"method":"createMapPane","args":["point",440]},{"method":"addCircleMarkers","args":[[50.199996,47.24,48.0883,45.712116,48.117,46.123,47.8742,50.243117,50.194567,48.141,45.423,49.625,48.1,48.331,46.9314,45.2755,47.92609,45.515,47.0775,49.0546,45.036,45.0409,45.4012,48.4023,50.09,49.8117,47.59,48.7525,50.103,48.5768,50.20856,48.4812,45.396,47.3545,45.29888,47.2476635269631,47.4113,50.31,48.4123,50.12139,47.598,50.277854,48.227,46.2366,50.94,46.569,46.206909,48.1977,50.271889,47.404,50.250419,49.28,45.6158,46.2644,50.27],[-63.498455,-70.425,-65.524,-73.44067699999999,-66.483,-73.02500000000001,-69.68600000000001,-64.00342999999999,-63.221386,-69.25,-73.58,-67.17570000000001,-69.3295,-64.7025,-70.7675,-74.173,-69.67653199999999,-74.2715,-70.59059999999999,-68.5532,-74.58839999999999,-74.5705,-73.892,-68.864,-66.38500000000001,-67.0371,-72.3686,-69.033,-66.40000000000001,-67.59999999999999,-64.12517800000001,-68.5504,-73.76000000000001,-72.64870000000001,-74.04007,-70.4368116884083,-61.876,-59.65,-69.31659999999999,-66.42778,-69.884,-63.92256,-71.87,-74.64449,-76.8,-73.2967,-72.81106200000001,-65.96299999999999,-63.82248,-71.52249999999999,-63.069712,-68.054,-75.48309999999999,-72.83280000000001,-64.14],6,null,"sf::st_as_sf(dplyr::filter(sites, !is.na(lat) ....",{"crs":{"crsClass":"L.CRS.EPSG3857","code":null,"proj4def":null,"projectedBounds":null,"options":{}},"pane":"point","stroke":true,"color":"#333333","weight":1,"opacity":0.9,"fill":true,"fillColor":"#6666FF","fillOpacity":0.6},null,null,["<div class='scrollableContainer'><table class=mapview-popup id='popup'><tr class='coord'><td><\/td><th><b>Feature ID <\/b><\/th><td>1 <\/td><\/tr><tr><td>1<\/td><th>id_site <\/th><td>Archipel de Mingan (approximative location) <\/td><\/tr><tr><td>2<\/td><th>name_en <\/th><td>NA <\/td><\/tr><tr><td>3<\/td><th>province <\/th><td>Québec <\/td><\/tr><tr><td>4<\/td><th>srid <\/th><td>4326 <\/td><\/tr><tr><td>5<\/td><th>geometry <\/th><td>sfc_POINT <\/td><\/tr><\/table><\/div>","<div class='scrollableContainer'><table class=mapview-popup id='popup'><tr class='coord'><td><\/td><th><b>Feature ID <\/b><\/th><td>2 <\/td><\/tr><tr><td>1<\/td><th>id_site <\/th><td>Battures aux Loups Marins <\/td><\/tr><tr><td>2<\/td><th>name_en <\/th><td>NA <\/td><\/tr><tr><td>3<\/td><th>province <\/th><td>Québec <\/td><\/tr><tr><td>4<\/td><th>srid <\/th><td>4326 <\/td><\/tr><tr><td>5<\/td><th>geometry <\/th><td>sfc_POINT <\/td><\/tr><\/table><\/div>","<div class='scrollableContainer'><table class=mapview-popup id='popup'><tr class='coord'><td><\/td><th><b>Feature ID <\/b><\/th><td>3 <\/td><\/tr><tr><td>1<\/td><th>id_site <\/th><td>Bonaventure <\/td><\/tr><tr><td>2<\/td><th>name_en <\/th><td>NA <\/td><\/tr><tr><td>3<\/td><th>province <\/th><td>Québec <\/td><\/tr><tr><td>4<\/td><th>srid <\/th><td>4326 <\/td><\/tr><tr><td>5<\/td><th>geometry <\/th><td>sfc_POINT <\/td><\/tr><\/table><\/div>","<div class='scrollableContainer'><table class=mapview-popup id='popup'><tr class='coord'><td><\/td><th><b>Feature ID <\/b><\/th><td>4 <\/td><\/tr><tr><td>1<\/td><th>id_site <\/th><td>Ile Deslauriers <\/td><\/tr><tr><td>2<\/td><th>name_en <\/th><td>NA <\/td><\/tr><tr><td>3<\/td><th>province <\/th><td>Québec <\/td><\/tr><tr><td>4<\/td><th>srid <\/th><td>NA <\/td><\/tr><tr><td>5<\/td><th>geometry <\/th><td>sfc_POINT <\/td><\/tr><\/table><\/div>","<div class='scrollableContainer'><table class=mapview-popup id='popup'><tr class='coord'><td><\/td><th><b>Feature ID <\/b><\/th><td>5 <\/td><\/tr><tr><td>1<\/td><th>id_site <\/th><td>Escuminac <\/td><\/tr><tr><td>2<\/td><th>name_en <\/th><td>NA <\/td><\/tr><tr><td>3<\/td><th>province <\/th><td>Québec <\/td><\/tr><tr><td>4<\/td><th>srid <\/th><td>4326 <\/td><\/tr><tr><td>5<\/td><th>geometry <\/th><td>sfc_POINT <\/td><\/tr><\/table><\/div>","<div class='scrollableContainer'><table class=mapview-popup id='popup'><tr class='coord'><td><\/td><th><b>Feature ID <\/b><\/th><td>6 <\/td><\/tr><tr><td>1<\/td><th>id_site <\/th><td>Grande Ile <\/td><\/tr><tr><td>2<\/td><th>name_en <\/th><td>NA <\/td><\/tr><tr><td>3<\/td><th>province <\/th><td>Québec <\/td><\/tr><tr><td>4<\/td><th>srid <\/th><td>4326 <\/td><\/tr><tr><td>5<\/td><th>geometry <\/th><td>sfc_POINT <\/td><\/tr><\/table><\/div>","<div class='scrollableContainer'><table class=mapview-popup id='popup'><tr class='coord'><td><\/td><th><b>Feature ID <\/b><\/th><td>7 <\/td><\/tr><tr><td>1<\/td><th>id_site <\/th><td>Gros Pot <\/td><\/tr><tr><td>2<\/td><th>name_en <\/th><td>NA <\/td><\/tr><tr><td>3<\/td><th>province <\/th><td>Québec <\/td><\/tr><tr><td>4<\/td><th>srid <\/th><td>4326 <\/td><\/tr><tr><td>5<\/td><th>geometry <\/th><td>sfc_POINT <\/td><\/tr><\/table><\/div>","<div class='scrollableContainer'><table class=mapview-popup id='popup'><tr class='coord'><td><\/td><th><b>Feature ID <\/b><\/th><td>8 <\/td><\/tr><tr><td>1<\/td><th>id_site <\/th><td>Ile à Bouleau de Terre <\/td><\/tr><tr><td>2<\/td><th>name_en <\/th><td>NA <\/td><\/tr><tr><td>3<\/td><th>province <\/th><td>Québec <\/td><\/tr><tr><td>4<\/td><th>srid <\/th><td>4326 <\/td><\/tr><tr><td>5<\/td><th>geometry <\/th><td>sfc_POINT <\/td><\/tr><\/table><\/div>","<div class='scrollableContainer'><table class=mapview-popup id='popup'><tr class='coord'><td><\/td><th><b>Feature ID <\/b><\/th><td>9 <\/td><\/tr><tr><td>1<\/td><th>id_site <\/th><td>Ile à Calculot des Betchouanes <\/td><\/tr><tr><td>2<\/td><th>name_en <\/th><td>NA <\/td><\/tr><tr><td>3<\/td><th>province <\/th><td>Québec <\/td><\/tr><tr><td>4<\/td><th>srid <\/th><td>4326 <\/td><\/tr><tr><td>5<\/td><th>geometry <\/th><td>sfc_POINT <\/td><\/tr><\/table><\/div>","<div class='scrollableContainer'><table class=mapview-popup id='popup'><tr class='coord'><td><\/td><th><b>Feature ID <\/b><\/th><td>10 <\/td><\/tr><tr><td>1<\/td><th>id_site <\/th><td>Ile aux Basques <\/td><\/tr><tr><td>2<\/td><th>name_en <\/th><td>NA <\/td><\/tr><tr><td>3<\/td><th>province <\/th><td>Québec <\/td><\/tr><tr><td>4<\/td><th>srid <\/th><td>4326 <\/td><\/tr><tr><td>5<\/td><th>geometry <\/th><td>sfc_POINT <\/td><\/tr><\/table><\/div>","<div class='scrollableContainer'><table class=mapview-popup id='popup'><tr class='coord'><td><\/td><th><b>Feature ID <\/b><\/th><td>11 <\/td><\/tr><tr><td>1<\/td><th>id_site <\/th><td>Ile aux Hérons <\/td><\/tr><tr><td>2<\/td><th>name_en <\/th><td>NA <\/td><\/tr><tr><td>3<\/td><th>province <\/th><td>Québec <\/td><\/tr><tr><td>4<\/td><th>srid <\/th><td>4326 <\/td><\/tr><tr><td>5<\/td><th>geometry <\/th><td>sfc_POINT <\/td><\/tr><\/table><\/div>","<div class='scrollableContainer'><table class=mapview-popup id='popup'><tr class='coord'><td><\/td><th><b>Feature ID <\/b><\/th><td>12 <\/td><\/tr><tr><td>1<\/td><th>id_site <\/th><td>Ile aux Oeufs <\/td><\/tr><tr><td>2<\/td><th>name_en <\/th><td>NA <\/td><\/tr><tr><td>3<\/td><th>province <\/th><td>Québec <\/td><\/tr><tr><td>4<\/td><th>srid <\/th><td>4326 <\/td><\/tr><tr><td>5<\/td><th>geometry <\/th><td>sfc_POINT <\/td><\/tr><\/table><\/div>","<div class='scrollableContainer'><table class=mapview-popup id='popup'><tr class='coord'><td><\/td><th><b>Feature ID <\/b><\/th><td>13 <\/td><\/tr><tr><td>1<\/td><th>id_site <\/th><td>Ile aux Pommes <\/td><\/tr><tr><td>2<\/td><th>name_en <\/th><td>NA <\/td><\/tr><tr><td>3<\/td><th>province <\/th><td>Québec <\/td><\/tr><tr><td>4<\/td><th>srid <\/th><td>4326 <\/td><\/tr><tr><td>5<\/td><th>geometry <\/th><td>sfc_POINT <\/td><\/tr><\/table><\/div>","<div class='scrollableContainer'><table class=mapview-popup id='popup'><tr class='coord'><td><\/td><th><b>Feature ID <\/b><\/th><td>14 <\/td><\/tr><tr><td>1<\/td><th>id_site <\/th><td>Ile Beauséjour <\/td><\/tr><tr><td>2<\/td><th>name_en <\/th><td>NA <\/td><\/tr><tr><td>3<\/td><th>province <\/th><td>Québec <\/td><\/tr><tr><td>4<\/td><th>srid <\/th><td>4326 <\/td><\/tr><tr><td>5<\/td><th>geometry <\/th><td>sfc_POINT <\/td><\/tr><\/table><\/div>","<div class='scrollableContainer'><table class=mapview-popup id='popup'><tr class='coord'><td><\/td><th><b>Feature ID <\/b><\/th><td>15 <\/td><\/tr><tr><td>1<\/td><th>id_site <\/th><td>Ile Bellechasse <\/td><\/tr><tr><td>2<\/td><th>name_en <\/th><td>NA <\/td><\/tr><tr><td>3<\/td><th>province <\/th><td>Québec <\/td><\/tr><tr><td>4<\/td><th>srid <\/th><td>4326 <\/td><\/tr><tr><td>5<\/td><th>geometry <\/th><td>sfc_POINT <\/td><\/tr><\/table><\/div>","<div class='scrollableContainer'><table class=mapview-popup id='popup'><tr class='coord'><td><\/td><th><b>Feature ID <\/b><\/th><td>16 <\/td><\/tr><tr><td>1<\/td><th>id_site <\/th><td>Ile Bienville <\/td><\/tr><tr><td>2<\/td><th>name_en <\/th><td>NA <\/td><\/tr><tr><td>3<\/td><th>province <\/th><td>Québec <\/td><\/tr><tr><td>4<\/td><th>srid <\/th><td>4326 <\/td><\/tr><tr><td>5<\/td><th>geometry <\/th><td>sfc_POINT <\/td><\/tr><\/table><\/div>","<div class='scrollableContainer'><table class=mapview-popup id='popup'><tr class='coord'><td><\/td><th><b>Feature ID <\/b><\/th><td>17 <\/td><\/tr><tr><td>1<\/td><th>id_site <\/th><td>Ile Blanche <\/td><\/tr><tr><td>2<\/td><th>name_en <\/th><td>NA <\/td><\/tr><tr><td>3<\/td><th>province <\/th><td>Québec <\/td><\/tr><tr><td>4<\/td><th>srid <\/th><td>4326 <\/td><\/tr><tr><td>5<\/td><th>geometry <\/th><td>sfc_POINT <\/td><\/tr><\/table><\/div>","<div class='scrollableContainer'><table class=mapview-popup id='popup'><tr class='coord'><td><\/td><th><b>Feature ID <\/b><\/th><td>18 <\/td><\/tr><tr><td>1<\/td><th>id_site <\/th><td>Ile de Carillon <\/td><\/tr><tr><td>2<\/td><th>name_en <\/th><td>NA <\/td><\/tr><tr><td>3<\/td><th>province <\/th><td>Québec <\/td><\/tr><tr><td>4<\/td><th>srid <\/th><td>4326 <\/td><\/tr><tr><td>5<\/td><th>geometry <\/th><td>sfc_POINT <\/td><\/tr><\/table><\/div>","<div class='scrollableContainer'><table class=mapview-popup id='popup'><tr class='coord'><td><\/td><th><b>Feature ID <\/b><\/th><td>19 <\/td><\/tr><tr><td>1<\/td><th>id_site <\/th><td>Ile de la Corneille <\/td><\/tr><tr><td>2<\/td><th>name_en <\/th><td>NA <\/td><\/tr><tr><td>3<\/td><th>province <\/th><td>Québec <\/td><\/tr><tr><td>4<\/td><th>srid <\/th><td>4326 <\/td><\/tr><tr><td>5<\/td><th>geometry <\/th><td>sfc_POINT <\/td><\/tr><\/table><\/div>","<div class='scrollableContainer'><table class=mapview-popup id='popup'><tr class='coord'><td><\/td><th><b>Feature ID <\/b><\/th><td>20 <\/td><\/tr><tr><td>1<\/td><th>id_site <\/th><td>Ile de la Mine <\/td><\/tr><tr><td>2<\/td><th>name_en <\/th><td>NA <\/td><\/tr><tr><td>3<\/td><th>province <\/th><td>Québec <\/td><\/tr><tr><td>4<\/td><th>srid <\/th><td>4326 <\/td><\/tr><tr><td>5<\/td><th>geometry <\/th><td>sfc_POINT <\/td><\/tr><\/table><\/div>","<div class='scrollableContainer'><table class=mapview-popup id='popup'><tr class='coord'><td><\/td><th><b>Feature ID <\/b><\/th><td>21 <\/td><\/tr><tr><td>1<\/td><th>id_site <\/th><td>Ile Dickerson <\/td><\/tr><tr><td>2<\/td><th>name_en <\/th><td>NA <\/td><\/tr><tr><td>3<\/td><th>province <\/th><td>Québec <\/td><\/tr><tr><td>4<\/td><th>srid <\/th><td>4326 <\/td><\/tr><tr><td>5<\/td><th>geometry <\/th><td>sfc_POINT <\/td><\/tr><\/table><\/div>","<div class='scrollableContainer'><table class=mapview-popup id='popup'><tr class='coord'><td><\/td><th><b>Feature ID <\/b><\/th><td>22 <\/td><\/tr><tr><td>1<\/td><th>id_site <\/th><td>Ile Dodens <\/td><\/tr><tr><td>2<\/td><th>name_en <\/th><td>NA <\/td><\/tr><tr><td>3<\/td><th>province <\/th><td>Québec <\/td><\/tr><tr><td>4<\/td><th>srid <\/th><td>4326 <\/td><\/tr><tr><td>5<\/td><th>geometry <\/th><td>sfc_POINT <\/td><\/tr><\/table><\/div>","<div class='scrollableContainer'><table class=mapview-popup id='popup'><tr class='coord'><td><\/td><th><b>Feature ID <\/b><\/th><td>23 <\/td><\/tr><tr><td>1<\/td><th>id_site <\/th><td>Ile Dowker <\/td><\/tr><tr><td>2<\/td><th>name_en <\/th><td>NA <\/td><\/tr><tr><td>3<\/td><th>province <\/th><td>Québec <\/td><\/tr><tr><td>4<\/td><th>srid <\/th><td>4326 <\/td><\/tr><tr><td>5<\/td><th>geometry <\/th><td>sfc_POINT <\/td><\/tr><\/table><\/div>","<div class='scrollableContainer'><table class=mapview-popup id='popup'><tr class='coord'><td><\/td><th><b>Feature ID <\/b><\/th><td>24 <\/td><\/tr><tr><td>1<\/td><th>id_site <\/th><td>Ile du Bic <\/td><\/tr><tr><td>2<\/td><th>name_en <\/th><td>NA <\/td><\/tr><tr><td>3<\/td><th>province <\/th><td>Québec <\/td><\/tr><tr><td>4<\/td><th>srid <\/th><td>4326 <\/td><\/tr><tr><td>5<\/td><th>geometry <\/th><td>sfc_POINT <\/td><\/tr><\/table><\/div>","<div class='scrollableContainer'><table class=mapview-popup id='popup'><tr class='coord'><td><\/td><th><b>Feature ID <\/b><\/th><td>25 <\/td><\/tr><tr><td>1<\/td><th>id_site <\/th><td>Ile du Corossol <\/td><\/tr><tr><td>2<\/td><th>name_en <\/th><td>NA <\/td><\/tr><tr><td>3<\/td><th>province <\/th><td>Québec <\/td><\/tr><tr><td>4<\/td><th>srid <\/th><td>4326 <\/td><\/tr><tr><td>5<\/td><th>geometry <\/th><td>sfc_POINT <\/td><\/tr><\/table><\/div>","<div class='scrollableContainer'><table class=mapview-popup id='popup'><tr class='coord'><td><\/td><th><b>Feature ID <\/b><\/th><td>26 <\/td><\/tr><tr><td>1<\/td><th>id_site <\/th><td>Ile du Petit Caouis <\/td><\/tr><tr><td>2<\/td><th>name_en <\/th><td>NA <\/td><\/tr><tr><td>3<\/td><th>province <\/th><td>Québec <\/td><\/tr><tr><td>4<\/td><th>srid <\/th><td>4326 <\/td><\/tr><tr><td>5<\/td><th>geometry <\/th><td>sfc_POINT <\/td><\/tr><\/table><\/div>","<div class='scrollableContainer'><table class=mapview-popup id='popup'><tr class='coord'><td><\/td><th><b>Feature ID <\/b><\/th><td>27 <\/td><\/tr><tr><td>1<\/td><th>id_site <\/th><td>Ile Eaton <\/td><\/tr><tr><td>2<\/td><th>name_en <\/th><td>NA <\/td><\/tr><tr><td>3<\/td><th>province <\/th><td>Québec <\/td><\/tr><tr><td>4<\/td><th>srid <\/th><td>4326 <\/td><\/tr><tr><td>5<\/td><th>geometry <\/th><td>sfc_POINT <\/td><\/tr><\/table><\/div>","<div class='scrollableContainer'><table class=mapview-popup id='popup'><tr class='coord'><td><\/td><th><b>Feature ID <\/b><\/th><td>28 <\/td><\/tr><tr><td>1<\/td><th>id_site <\/th><td>Ile Laval <\/td><\/tr><tr><td>2<\/td><th>name_en <\/th><td>NA <\/td><\/tr><tr><td>3<\/td><th>province <\/th><td>Québec <\/td><\/tr><tr><td>4<\/td><th>srid <\/th><td>4326 <\/td><\/tr><tr><td>5<\/td><th>geometry <\/th><td>sfc_POINT <\/td><\/tr><\/table><\/div>","<div class='scrollableContainer'><table class=mapview-popup id='popup'><tr class='coord'><td><\/td><th><b>Feature ID <\/b><\/th><td>29 <\/td><\/tr><tr><td>1<\/td><th>id_site <\/th><td>Ile Manowin <\/td><\/tr><tr><td>2<\/td><th>name_en <\/th><td>NA <\/td><\/tr><tr><td>3<\/td><th>province <\/th><td>Québec <\/td><\/tr><tr><td>4<\/td><th>srid <\/th><td>4326 <\/td><\/tr><tr><td>5<\/td><th>geometry <\/th><td>sfc_POINT <\/td><\/tr><\/table><\/div>","<div class='scrollableContainer'><table class=mapview-popup id='popup'><tr class='coord'><td><\/td><th><b>Feature ID <\/b><\/th><td>30 <\/td><\/tr><tr><td>1<\/td><th>id_site <\/th><td>Ile Matane <\/td><\/tr><tr><td>2<\/td><th>name_en <\/th><td>NA <\/td><\/tr><tr><td>3<\/td><th>province <\/th><td>Québec <\/td><\/tr><tr><td>4<\/td><th>srid <\/th><td>4326 <\/td><\/tr><tr><td>5<\/td><th>geometry <\/th><td>sfc_POINT <\/td><\/tr><\/table><\/div>","<div class='scrollableContainer'><table class=mapview-popup id='popup'><tr class='coord'><td><\/td><th><b>Feature ID <\/b><\/th><td>31 <\/td><\/tr><tr><td>1<\/td><th>id_site <\/th><td>Ile Nue <\/td><\/tr><tr><td>2<\/td><th>name_en <\/th><td>NA <\/td><\/tr><tr><td>3<\/td><th>province <\/th><td>Québec <\/td><\/tr><tr><td>4<\/td><th>srid <\/th><td>4326 <\/td><\/tr><tr><td>5<\/td><th>geometry <\/th><td>sfc_POINT <\/td><\/tr><\/table><\/div>","<div class='scrollableContainer'><table class=mapview-popup id='popup'><tr class='coord'><td><\/td><th><b>Feature ID <\/b><\/th><td>32 <\/td><\/tr><tr><td>1<\/td><th>id_site <\/th><td>Ile Saint-Barnabé <\/td><\/tr><tr><td>2<\/td><th>name_en <\/th><td>NA <\/td><\/tr><tr><td>3<\/td><th>province <\/th><td>Québec <\/td><\/tr><tr><td>4<\/td><th>srid <\/th><td>4326 <\/td><\/tr><tr><td>5<\/td><th>geometry <\/th><td>sfc_POINT <\/td><\/tr><\/table><\/div>","<div class='scrollableContainer'><table class=mapview-popup id='popup'><tr class='coord'><td><\/td><th><b>Feature ID <\/b><\/th><td>33 <\/td><\/tr><tr><td>1<\/td><th>id_site <\/th><td>Ile Saint-Bernard <\/td><\/tr><tr><td>2<\/td><th>name_en <\/th><td>NA <\/td><\/tr><tr><td>3<\/td><th>province <\/th><td>Québec <\/td><\/tr><tr><td>4<\/td><th>srid <\/th><td>4326 <\/td><\/tr><tr><td>5<\/td><th>geometry <\/th><td>sfc_POINT <\/td><\/tr><\/table><\/div>","<div class='scrollableContainer'><table class=mapview-popup id='popup'><tr class='coord'><td><\/td><th><b>Feature ID <\/b><\/th><td>34 <\/td><\/tr><tr><td>1<\/td><th>id_site <\/th><td>Ile Steamboat <\/td><\/tr><tr><td>2<\/td><th>name_en <\/th><td>NA <\/td><\/tr><tr><td>3<\/td><th>province <\/th><td>Québec <\/td><\/tr><tr><td>4<\/td><th>srid <\/th><td>4326 <\/td><\/tr><tr><td>5<\/td><th>geometry <\/th><td>sfc_POINT <\/td><\/tr><\/table><\/div>","<div class='scrollableContainer'><table class=mapview-popup id='popup'><tr class='coord'><td><\/td><th><b>Feature ID <\/b><\/th><td>35 <\/td><\/tr><tr><td>1<\/td><th>id_site <\/th><td>Ile Villemomble <\/td><\/tr><tr><td>2<\/td><th>name_en <\/th><td>NA <\/td><\/tr><tr><td>3<\/td><th>province <\/th><td>Québec <\/td><\/tr><tr><td>4<\/td><th>srid <\/th><td>4326 <\/td><\/tr><tr><td>5<\/td><th>geometry <\/th><td>sfc_POINT <\/td><\/tr><\/table><\/div>","<div class='scrollableContainer'><table class=mapview-popup id='popup'><tr class='coord'><td><\/td><th><b>Feature ID <\/b><\/th><td>36 <\/td><\/tr><tr><td>1<\/td><th>id_site <\/th><td>Iles aux Loups Marins <\/td><\/tr><tr><td>2<\/td><th>name_en <\/th><td>NA <\/td><\/tr><tr><td>3<\/td><th>province <\/th><td>Québec <\/td><\/tr><tr><td>4<\/td><th>srid <\/th><td>4326 <\/td><\/tr><tr><td>5<\/td><th>geometry <\/th><td>sfc_POINT <\/td><\/tr><\/table><\/div>","<div class='scrollableContainer'><table class=mapview-popup id='popup'><tr class='coord'><td><\/td><th><b>Feature ID <\/b><\/th><td>37 <\/td><\/tr><tr><td>1<\/td><th>id_site <\/th><td>Iles de la Madeleine <\/td><\/tr><tr><td>2<\/td><th>name_en <\/th><td>NA <\/td><\/tr><tr><td>3<\/td><th>province <\/th><td>Québec <\/td><\/tr><tr><td>4<\/td><th>srid <\/th><td>4326 <\/td><\/tr><tr><td>5<\/td><th>geometry <\/th><td>sfc_POINT <\/td><\/tr><\/table><\/div>","<div class='scrollableContainer'><table class=mapview-popup id='popup'><tr class='coord'><td><\/td><th><b>Feature ID <\/b><\/th><td>38 <\/td><\/tr><tr><td>1<\/td><th>id_site <\/th><td>Iles Sainte-Marie <\/td><\/tr><tr><td>2<\/td><th>name_en <\/th><td>NA <\/td><\/tr><tr><td>3<\/td><th>province <\/th><td>Québec <\/td><\/tr><tr><td>4<\/td><th>srid <\/th><td>4326 <\/td><\/tr><tr><td>5<\/td><th>geometry <\/th><td>sfc_POINT <\/td><\/tr><\/table><\/div>","<div class='scrollableContainer'><table class=mapview-popup id='popup'><tr class='coord'><td><\/td><th><b>Feature ID <\/b><\/th><td>39 <\/td><\/tr><tr><td>1<\/td><th>id_site <\/th><td>Ilets Boisés <\/td><\/tr><tr><td>2<\/td><th>name_en <\/th><td>NA <\/td><\/tr><tr><td>3<\/td><th>province <\/th><td>Québec <\/td><\/tr><tr><td>4<\/td><th>srid <\/th><td>4326 <\/td><\/tr><tr><td>5<\/td><th>geometry <\/th><td>sfc_POINT <\/td><\/tr><\/table><\/div>","<div class='scrollableContainer'><table class=mapview-popup id='popup'><tr class='coord'><td><\/td><th><b>Feature ID <\/b><\/th><td>40 <\/td><\/tr><tr><td>1<\/td><th>id_site <\/th><td>Ilets De Quen <\/td><\/tr><tr><td>2<\/td><th>name_en <\/th><td>NA <\/td><\/tr><tr><td>3<\/td><th>province <\/th><td>Québec <\/td><\/tr><tr><td>4<\/td><th>srid <\/th><td>4326 <\/td><\/tr><tr><td>5<\/td><th>geometry <\/th><td>sfc_POINT <\/td><\/tr><\/table><\/div>","<div class='scrollableContainer'><table class=mapview-popup id='popup'><tr class='coord'><td><\/td><th><b>Feature ID <\/b><\/th><td>41 <\/td><\/tr><tr><td>1<\/td><th>id_site <\/th><td>Kamouraska <\/td><\/tr><tr><td>2<\/td><th>name_en <\/th><td>NA <\/td><\/tr><tr><td>3<\/td><th>province <\/th><td>Québec <\/td><\/tr><tr><td>4<\/td><th>srid <\/th><td>4326 <\/td><\/tr><tr><td>5<\/td><th>geometry <\/th><td>sfc_POINT <\/td><\/tr><\/table><\/div>","<div class='scrollableContainer'><table class=mapview-popup id='popup'><tr class='coord'><td><\/td><th><b>Feature ID <\/b><\/th><td>42 <\/td><\/tr><tr><td>1<\/td><th>id_site <\/th><td>Kukuministuk (Caye à Cochons) <\/td><\/tr><tr><td>2<\/td><th>name_en <\/th><td>NA <\/td><\/tr><tr><td>3<\/td><th>province <\/th><td>Québec <\/td><\/tr><tr><td>4<\/td><th>srid <\/th><td>4326 <\/td><\/tr><tr><td>5<\/td><th>geometry <\/th><td>sfc_POINT <\/td><\/tr><\/table><\/div>","<div class='scrollableContainer'><table class=mapview-popup id='popup'><tr class='coord'><td><\/td><th><b>Feature ID <\/b><\/th><td>43 <\/td><\/tr><tr><td>1<\/td><th>id_site <\/th><td>Lac à la Carpe <\/td><\/tr><tr><td>2<\/td><th>name_en <\/th><td>NA <\/td><\/tr><tr><td>3<\/td><th>province <\/th><td>Québec <\/td><\/tr><tr><td>4<\/td><th>srid <\/th><td>4326 <\/td><\/tr><tr><td>5<\/td><th>geometry <\/th><td>sfc_POINT <\/td><\/tr><\/table><\/div>","<div class='scrollableContainer'><table class=mapview-popup id='popup'><tr class='coord'><td><\/td><th><b>Feature ID <\/b><\/th><td>44 <\/td><\/tr><tr><td>1<\/td><th>id_site <\/th><td>Lac Bleu <\/td><\/tr><tr><td>2<\/td><th>name_en <\/th><td>NA <\/td><\/tr><tr><td>3<\/td><th>province <\/th><td>Québec <\/td><\/tr><tr><td>4<\/td><th>srid <\/th><td>4326 <\/td><\/tr><tr><td>5<\/td><th>geometry <\/th><td>sfc_POINT <\/td><\/tr><\/table><\/div>","<div class='scrollableContainer'><table class=mapview-popup id='popup'><tr class='coord'><td><\/td><th><b>Feature ID <\/b><\/th><td>45 <\/td><\/tr><tr><td>1<\/td><th>id_site <\/th><td>Lac Evans <\/td><\/tr><tr><td>2<\/td><th>name_en <\/th><td>NA <\/td><\/tr><tr><td>3<\/td><th>province <\/th><td>Québec <\/td><\/tr><tr><td>4<\/td><th>srid <\/th><td>4326 <\/td><\/tr><tr><td>5<\/td><th>geometry <\/th><td>sfc_POINT <\/td><\/tr><\/table><\/div>","<div class='scrollableContainer'><table class=mapview-popup id='popup'><tr class='coord'><td><\/td><th><b>Feature ID <\/b><\/th><td>46 <\/td><\/tr><tr><td>1<\/td><th>id_site <\/th><td>Lac Saint-Bernard <\/td><\/tr><tr><td>2<\/td><th>name_en <\/th><td>NA <\/td><\/tr><tr><td>3<\/td><th>province <\/th><td>Québec <\/td><\/tr><tr><td>4<\/td><th>srid <\/th><td>4326 <\/td><\/tr><tr><td>5<\/td><th>geometry <\/th><td>sfc_POINT <\/td><\/tr><\/table><\/div>","<div class='scrollableContainer'><table class=mapview-popup id='popup'><tr class='coord'><td><\/td><th><b>Feature ID <\/b><\/th><td>47 <\/td><\/tr><tr><td>1<\/td><th>id_site <\/th><td>Lac Saint-Pierre <\/td><\/tr><tr><td>2<\/td><th>name_en <\/th><td>NA <\/td><\/tr><tr><td>3<\/td><th>province <\/th><td>Québec <\/td><\/tr><tr><td>4<\/td><th>srid <\/th><td>4326 <\/td><\/tr><tr><td>5<\/td><th>geometry <\/th><td>sfc_POINT <\/td><\/tr><\/table><\/div>","<div class='scrollableContainer'><table class=mapview-popup id='popup'><tr class='coord'><td><\/td><th><b>Feature ID <\/b><\/th><td>48 <\/td><\/tr><tr><td>1<\/td><th>id_site <\/th><td>Maria <\/td><\/tr><tr><td>2<\/td><th>name_en <\/th><td>NA <\/td><\/tr><tr><td>3<\/td><th>province <\/th><td>Québec <\/td><\/tr><tr><td>4<\/td><th>srid <\/th><td>4326 <\/td><\/tr><tr><td>5<\/td><th>geometry <\/th><td>sfc_POINT <\/td><\/tr><\/table><\/div>","<div class='scrollableContainer'><table class=mapview-popup id='popup'><tr class='coord'><td><\/td><th><b>Feature ID <\/b><\/th><td>49 <\/td><\/tr><tr><td>1<\/td><th>id_site <\/th><td>Missipinuk (Grosse Romaine) <\/td><\/tr><tr><td>2<\/td><th>name_en <\/th><td>NA <\/td><\/tr><tr><td>3<\/td><th>province <\/th><td>Québec <\/td><\/tr><tr><td>4<\/td><th>srid <\/th><td>4326 <\/td><\/tr><tr><td>5<\/td><th>geometry <\/th><td>sfc_POINT <\/td><\/tr><\/table><\/div>","<div class='scrollableContainer'><table class=mapview-popup id='popup'><tr class='coord'><td><\/td><th><b>Feature ID <\/b><\/th><td>50 <\/td><\/tr><tr><td>1<\/td><th>id_site <\/th><td>Petit lac Jacques-Cartier <\/td><\/tr><tr><td>2<\/td><th>name_en <\/th><td>NA <\/td><\/tr><tr><td>3<\/td><th>province <\/th><td>Québec <\/td><\/tr><tr><td>4<\/td><th>srid <\/th><td>4326 <\/td><\/tr><tr><td>5<\/td><th>geometry <\/th><td>sfc_POINT <\/td><\/tr><\/table><\/div>","<div class='scrollableContainer'><table class=mapview-popup id='popup'><tr class='coord'><td><\/td><th><b>Feature ID <\/b><\/th><td>51 <\/td><\/tr><tr><td>1<\/td><th>id_site <\/th><td>Petite Ile Ste-Geneviève <\/td><\/tr><tr><td>2<\/td><th>name_en <\/th><td>NA <\/td><\/tr><tr><td>3<\/td><th>province <\/th><td>Québec <\/td><\/tr><tr><td>4<\/td><th>srid <\/th><td>4326 <\/td><\/tr><tr><td>5<\/td><th>geometry <\/th><td>sfc_POINT <\/td><\/tr><\/table><\/div>","<div class='scrollableContainer'><table class=mapview-popup id='popup'><tr class='coord'><td><\/td><th><b>Feature ID <\/b><\/th><td>52 <\/td><\/tr><tr><td>1<\/td><th>id_site <\/th><td>Pointe Saint-Pancrace <\/td><\/tr><tr><td>2<\/td><th>name_en <\/th><td>NA <\/td><\/tr><tr><td>3<\/td><th>province <\/th><td>Québec <\/td><\/tr><tr><td>4<\/td><th>srid <\/th><td>4326 <\/td><\/tr><tr><td>5<\/td><th>geometry <\/th><td>sfc_POINT <\/td><\/tr><\/table><\/div>","<div class='scrollableContainer'><table class=mapview-popup id='popup'><tr class='coord'><td><\/td><th><b>Feature ID <\/b><\/th><td>53 <\/td><\/tr><tr><td>1<\/td><th>id_site <\/th><td>Prairie du Castor <\/td><\/tr><tr><td>2<\/td><th>name_en <\/th><td>NA <\/td><\/tr><tr><td>3<\/td><th>province <\/th><td>Québec <\/td><\/tr><tr><td>4<\/td><th>srid <\/th><td>4326 <\/td><\/tr><tr><td>5<\/td><th>geometry <\/th><td>sfc_POINT <\/td><\/tr><\/table><\/div>","<div class='scrollableContainer'><table class=mapview-popup id='popup'><tr class='coord'><td><\/td><th><b>Feature ID <\/b><\/th><td>54 <\/td><\/tr><tr><td>1<\/td><th>id_site <\/th><td>Yamachiche <\/td><\/tr><tr><td>2<\/td><th>name_en <\/th><td>NA <\/td><\/tr><tr><td>3<\/td><th>province <\/th><td>Québec <\/td><\/tr><tr><td>4<\/td><th>srid <\/th><td>4326 <\/td><\/tr><tr><td>5<\/td><th>geometry <\/th><td>sfc_POINT <\/td><\/tr><\/table><\/div>","<div class='scrollableContainer'><table class=mapview-popup id='popup'><tr class='coord'><td><\/td><th><b>Feature ID <\/b><\/th><td>55 <\/td><\/tr><tr><td>1<\/td><th>id_site <\/th><td>Longue-Pointe-de-Mingan <\/td><\/tr><tr><td>2<\/td><th>name_en <\/th><td>NA <\/td><\/tr><tr><td>3<\/td><th>province <\/th><td>Québec <\/td><\/tr><tr><td>4<\/td><th>srid <\/th><td>4326 <\/td><\/tr><tr><td>5<\/td><th>geometry <\/th><td>sfc_POINT <\/td><\/tr><\/table><\/div>"],{"maxWidth":800,"minWidth":50,"autoPan":true,"keepInView":false,"closeButton":true,"closeOnClick":true,"className":""},["1","2","3","4","5","6","7","8","9","10","11","12","13","14","15","16","17","18","19","20","21","22","23","24","25","26","27","28","29","30","31","32","33","34","35","36","37","38","39","40","41","42","43","44","45","46","47","48","49","50","51","52","53","54","55"],{"interactive":false,"permanent":false,"direction":"auto","opacity":1,"offset":[0,0],"textsize":"10px","textOnly":false,"className":"","sticky":true},null]},{"method":"addScaleBar","args":[{"maxWidth":100,"metric":true,"imperial":true,"updateWhenIdle":true,"position":"bottomleft"}]},{"method":"addHomeButton","args":[-76.8,45.036,-59.65,50.94,true,"sf::st_as_sf(dplyr::filter(sites, 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//HTMLWidgets.find('#' + el.id);\n      // we need a new div element because we have to handle\n      // the mouseover output separately\n      // debugger;\n      function addElement () {\n      // generate new div Element\n      var newDiv = $(document.createElement('div'));\n      // append at end of leaflet htmlwidget container\n      $(el).append(newDiv);\n      //provide ID and style\n      newDiv.addClass('lnlt');\n      newDiv.css({\n      'position': 'relative',\n      'bottomleft':  '0px',\n      'background-color': 'rgba(255, 255, 255, 0.7)',\n      'box-shadow': '0 0 2px #bbb',\n      'background-clip': 'padding-box',\n      'margin': '0',\n      'padding-left': '5px',\n      'color': '#333',\n      'font': '9px/1.5 \"Helvetica Neue\", Arial, Helvetica, sans-serif',\n      'z-index': '700',\n      });\n      return newDiv;\n      }\n\n\n      // check for already existing lnlt class to not duplicate\n      var lnlt = $(el).find('.lnlt');\n\n      if(!lnlt.length) {\n      lnlt = addElement();\n\n      // grab the special div we generated in the beginning\n      // and put the mousmove output there\n\n      map.on('mousemove', function (e) {\n      if (e.originalEvent.ctrlKey) {\n      if (document.querySelector('.lnlt') === null) lnlt = addElement();\n      lnlt.text(\n                           ' lon: ' + (e.latlng.lng).toFixed(5) +\n                           ' | lat: ' + (e.latlng.lat).toFixed(5) +\n                           ' | zoom: ' + map.getZoom() +\n                           ' | x: ' + L.CRS.EPSG3857.project(e.latlng).x.toFixed(0) +\n                           ' | y: ' + L.CRS.EPSG3857.project(e.latlng).y.toFixed(0) +\n                           ' | epsg: 3857 ' +\n                           ' | proj4: +proj=merc +a=6378137 +b=6378137 +lat_ts=0.0 +lon_0=0.0 +x_0=0.0 +y_0=0 +k=1.0 +units=m +nadgrids=@null +no_defs ');\n      } else {\n      if (document.querySelector('.lnlt') === null) lnlt = addElement();\n      lnlt.text(\n                      ' lon: ' + (e.latlng.lng).toFixed(5) +\n                      ' | lat: ' + (e.latlng.lat).toFixed(5) +\n                      ' | zoom: ' + map.getZoom() + ' ');\n      }\n      });\n\n      // remove the lnlt div when mouse leaves map\n      map.on('mouseout', function (e) {\n      var strip = document.querySelector('.lnlt');\n      if( strip !==null) strip.remove();\n      });\n\n      };\n\n      //$(el).keypress(67, function(e) {\n      map.on('preclick', function(e) {\n      if (e.originalEvent.ctrlKey) {\n      if (document.querySelector('.lnlt') === null) lnlt = addElement();\n      lnlt.text(\n                      ' lon: ' + (e.latlng.lng).toFixed(5) +\n                      ' | lat: ' + (e.latlng.lat).toFixed(5) +\n                      ' | zoom: ' + map.getZoom() + ' ');\n      var txt = document.querySelector('.lnlt').textContent;\n      console.log(txt);\n      //txt.innerText.focus();\n      //txt.select();\n      setClipboardText('\"' + txt + '\"');\n      }\n      });\n\n      }\n      ).call(this.getMap(), el, x, data);\n}","data":null},{"code":"function(el, x, data) {\n  return (function(el,x,data){\n           var map = this;\n\n           map.on('keypress', function(e) {\n               console.log(e.originalEvent.code);\n               var key = e.originalEvent.code;\n               if (key === 'KeyE') {\n                   var bb = this.getBounds();\n                   var txt = JSON.stringify(bb);\n                   console.log(txt);\n\n                   setClipboardText('\\'' + txt + '\\'');\n               }\n           })\n        }).call(this.getMap(), el, x, data);\n}","data":null}]}}</script>

---
# Obtenir les mesures de contaminants

Afin de simplifier les étapes de jointures entre les tables, il existe une fonction générique dans le package qui permet de récupérer l'ensemble des entrées dans la base de données.

``` r
db_plumes <- plumesbox::get_db(con) |> head(100) |> as.data.frame()
```

---
# Obtenir les mesures de contaminants

On peut par la suite filtrer pour obtenir seulement les mesures désirées.

``` r
db_plumes <- plumesbox::get_db(con)

bonaventure <- db_plumes |>
  dplyr::filter(id_site == "Bonaventure") |>
  as.data.frame()
```

<div data-pagedtable="false">
  <script data-pagedtable-source type="application/json">
{"columns":[{"label":["id_lab_sample"],"name":[1],"type":["chr"],"align":["left"]},{"label":["id_analyte"],"name":[2],"type":["chr"],"align":["left"]},{"label":["value"],"name":[3],"type":["dbl"],"align":["right"]},{"label":["is_censored"],"name":[4],"type":["int"],"align":["right"]},{"label":["percent_lipid"],"name":[5],"type":["dbl"],"align":["right"]},{"label":["percent_moisture"],"name":[6],"type":["dbl"],"align":["right"]},{"label":["note_lab_measurement"],"name":[7],"type":["chr"],"align":["left"]},{"label":["id_report"],"name":[8],"type":["chr"],"align":["left"]},{"label":["name"],"name":[9],"type":["chr"],"align":["left"]},{"label":["other_name"],"name":[10],"type":["chr"],"align":["left"]},{"label":["short_name"],"name":[11],"type":["chr"],"align":["left"]},{"label":["unit"],"name":[12],"type":["chr"],"align":["left"]},{"label":["family"],"name":[13],"type":["chr"],"align":["left"]},{"label":["casid"],"name":[14],"type":["chr"],"align":["left"]},{"label":["pubcid"],"name":[15],"type":["int"],"align":["right"]},{"label":["note_analyte"],"name":[16],"type":["chr"],"align":["left"]},{"label":["is_dry_weight"],"name":[17],"type":["int"],"align":["right"]},{"label":["on_isolated_lipid"],"name":[18],"type":["int"],"align":["right"]},{"label":["note_lab_sample"],"name":[19],"type":["chr"],"align":["left"]},{"label":["id_field_sample"],"name":[20],"type":["chr"],"align":["left"]},{"label":["note_lab_field_sample"],"name":[21],"type":["chr"],"align":["left"]},{"label":["id_capture"],"name":[22],"type":["chr"],"align":["left"]},{"label":["collection_date"],"name":[23],"type":["chr"],"align":["left"]},{"label":["id_site"],"name":[24],"type":["chr"],"align":["left"]},{"label":["id_species"],"name":[25],"type":["chr"],"align":["left"]},{"label":["age"],"name":[26],"type":["chr"],"align":["left"]},{"label":["tissue"],"name":[27],"type":["chr"],"align":["left"]},{"label":["name_en"],"name":[28],"type":["chr"],"align":["left"]},{"label":["province"],"name":[29],"type":["chr"],"align":["left"]},{"label":["lat"],"name":[30],"type":["dbl"],"align":["right"]},{"label":["lon"],"name":[31],"type":["dbl"],"align":["right"]},{"label":["srid"],"name":[32],"type":["int"],"align":["right"]},{"label":["organism"],"name":[33],"type":["chr"],"align":["left"]},{"label":["genus"],"name":[34],"type":["chr"],"align":["left"]},{"label":["species"],"name":[35],"type":["chr"],"align":["left"]},{"label":["vernacular_fr"],"name":[36],"type":["chr"],"align":["left"]},{"label":["vernacular_en"],"name":[37],"type":["chr"],"align":["left"]}],"data":[{"1":"F1871","2":"d13c","3":"-20.619988450","4":"0","5":"NA","6":"NA","7":"NA","8":"NA","9":"d13C","10":"NA","11":"NA","12":"‰","13":"SI","14":"NA","15":"NA","16":"NA","17":"0","18":"0","19":"NA","20":"18-71-1","21":"NA","22":"NA","23":"2018-01-01","24":"Bonaventure","25":"ATMA","26":"NA","27":"NA","28":"NA","29":"Québec","30":"48.0883","31":"-65.524","32":"4326","33":"Fish","34":"Scomber","35":"Scomber 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# Pratique

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## Obtenir les mesures pour un contaminant en particulier

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# Partie 3

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## Importer des données

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# Ordre d'injection

## Tables de références

Les tables de référence sont à insérer en premier car elles fournissent des informations pour les autres tables:
   - **sites** : Remplir en premier pour les informations sur les sites.
   - **species** : À insérer avant les échantillons de terrain (`field_sample`).
   - **analyte** : Nécessaire pour les mesures de laboratoire (`lab_measurement`).
   - **project** : Utilisée dans les rapports (`report`).

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# Ordre d'injection

## Terrain

Ensuite, les données de terrain :
 - **individual** : Remplir avant les captures.
 - **capture** : Nécessaire pour les échantillons de terrain.
 - **field_sample** : Relier à sites, species et capture, donc ces tables doivent être déjà remplies.

Note: Pour la plupart des cas, seulement les informations sur le field sample sont à renseigner.

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# Ordre d'injection

## Laboratoire

Une fois les données de référence et de terrain injectées :
   - **lab_sample** : À insérer avant les mesures.
   - **report** : À injecter après les projets.
   - **lab_field_sample** : Fait le lien entre `field_sample` et `lab_sample`.
   - **lab_measurement** : Insérée en dernier, dépend de `lab_sample`, `analyte` et `report`.

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# Exemple d'importation

https://eccc-lavoie-ecotox.github.io/plumesbox/articles/import-MET-THg-23-19.html

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# Pratique

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## Reprendre la recette d'importation et l'appliquer à un autre rapport de laboratoire